Senoji Stelmužės bažnyčia laikoma seniausia medinės architektūros palikimu Lietuvoje. Pastatyta prieš 1596 m. kaip kilmingos, iš Vestfalijos kilusios giminės fon Berkų šeimos koplyčia. 

Nors Įvairiuose šaltiniuose pateikiama, kad ji galutinai įrengta 1650 m. Zarasų krašto muziejaus knygoje ,,Stelmužės XVII A. Dvaro istorija“, minima, kad ji galėjo būti pastatyta 1613 m., nes yra išlikę foto su 1613 m. bažnyčios varpų įspaudais. Tačiau rankraštyje  „Fon Berkenų šeimos istorijos nuo XV a. iki šių dienų“ minimas faktas bažnyčios pastatymą nukelia keliasdešimt metų atgal, ir darosi aišku, kad tuo metu bažnyčia pastatė ne fon Folkerzambai, kaip plačiai pateikiama įvairiuose šaltiniuose,  o fon Berkų giminė.

Svarbu tai, kad tame krašte panašiu metu kūrėsi Egipto liuteronų bendruomenė, 1567 metų vasario 28 dieną kartu su Kuržemės hercogo įsakymu pradėjo statyti naują bažnyčią. Nuo 1584 m. ši bendruomenė turėjo savo pastorių. XVI ir XVII amžių sankirtoje šalia Egipto liuteronų bendruomenės išaugo nedidelė Vilkumiestės gyvenvietė, kurios vardu latviškai ir vadinama ši bendruomenė. Egipto liuteronų bendruomenė turėjo keletą medinių bažnyčių, paskutinė jų buvo sunaikinta 1812 metais, karo su prancūzais metu. Rankraštyje minimas labai įdomus faktas „Dar šiandien Šteinenzėje stovi XVI a. koplyčia, vadinama Berkenų koplyčia, kurios chore yra keturių dalių švino rėmu langas, kurio dviejose viršutinėse stiklo dalyse pavaizduotas Berkenų herbas. Šioje koplyčioje nuo 1596 m. tarnavo pastorius iš Egipto, gyvenęs kaimyniniame Fiurstenbergų (Fürstenberg) dvare.“ 

Stelmužės bažnyčios interjeras įrengtas 1713 m. Jame gausu vertingų baroko stiliaus puošmenų: bareljefų, horeljefų, skulptūrų, spirališkų kolonų, originalios medinės ornamentikos. Nuo 1808 m. bažnyčia priklauso katalikams. Muziejus bažnyčioje įkurtas 1997 m.